Μετά την περίοδο 1195 - 1204 μ.Χ. οι Νέαι Πάτραι βρίσκονται στα χέρια των Φράγκων. Κατά την πρώτη διάσπαση της περιοχής σε φέουδα, οι Νέαι Πάτραι εντάχθηκαν στη βαρωνία του Ζητουνίου (Λαμία) και οι Φράγκοι εκδιώχθηκαν μετά τη μάχη του Ελβασάν (1217) από τον δεσπότη της Ηπείρου Θεόδωρο Άγγελο Κομνηνό.
Το 1237 η Νέα Πάτρα, όπως και όλο το δεσποτάτο της Ηπείρου, πέρασε στα χέρια του Μιχαήλ Β Άγγελου Κομνηνού, ενώ το 1259 πέρασε στα χέρια του Μιχαήλ Παλαιολόγου. Το 1271 ο Ιωάννης Α΄ Δούκας Άγγελος έκανε έδρα του δεσποτάτου του τη Νέα Πάτρα. Στα 1319 οι Καταλανοί αφού κατέλυσαν την φραγκοκρατία, ένωσαν και άλλες πόλεις μαζί με την Αθήνα και τις ονόμασαν Δουκάτο Αθηνών και Νέων Πατρών. Η Υπάτη υπήρξε η συμπρωτεύουσα, μαζί με την Αθήνα. Η ακμή της είναι μεγάλη.
Το 1365 καταλήφθηκε για λίγο από τους Αλβανούς, που εκστράτευσαν από βόρεια, αλλά εκδιώχθηκαν από το Ματθαίο Μογκάδα, ο οποίος είχε οριστεί επίτροπος του Δουκάτου από τον βασιλιά της Σικελίας Φρειδερίκου του Γ΄.
Μετά το θάνατο του βασιλιά της Σικελίας Φρειδερίκου του Γ΄ το 1378, η Νέα Πάτρα υποτάχθηκε στο βασίλειο της Αραγωνίας.
Η Υπάτη είναι ένα μεγάλο εμπορικό κέντρο με αναπτυγμένη βιοτεχνία μεταξιού, μεγάλα δημόσια κτίρια, μεταξύ των οποίων και το Νομισματοκοπείο, όπου γινόταν η κοπή των νομισμάτων του κράτους της Υπάτης. Στην μάχη στο Κοσσυφοπέδιο το 1389 μεταξύ Τούρκων και Σέρβων σκοτώθηκαν ο Λάζαρος των Σέρβων και ο Μουράτ των Τούρκων. Τον Μουράτ διαδέχτηκε ο σουλτάνος Βαγιαζήτ ο πρώτος , ο οποίος εκανε εκστρατεία εναντίον της Ελλάδας το 1393, κατέκτησε την Θεσσαλία και στην συνέχεια έγινε κύριος και στο Ζητούνι και στις Νέες Πάτρες, που τις μετονόμασε σε Πατρατζίκι, δηλαδή Μικρές Πάτρες.